按照植物学，水果的定义是“植物的果实”。如果是这样，西红柿，还有辣椒、黄瓜、茄子等都要属于水果，但因为它们大多数时候需要煮熟才能吃，通常被当做蔬菜。
其实，水果和蔬菜的分类并没有太多科学道理，更多的是根据习惯而定。如果可以生吃、多肉多汁、包含植物的种子，就常被认为是水果。而蔬菜一般是烹饪做菜用，包括植物的根、茎、叶等部分。不能生吃、不够甜的植物果实也被认为是蔬菜而非水果。
就西红柿而言，它可以生吃、多肉多汁，也包含植物的种子，但因为人们常常用它炒菜（鸡蛋）就被当成了蔬菜。另一种番茄小西红柿，也就是圣女果，因为多被生吃就被划到了水果阵营。
根据美国最高法院的裁决，西红柿属于蔬菜而不是水果。事件源于美国1883年的关税法，关税法规定进口蔬菜要缴纳10%的税，而水果不用。当时纽约海关认为西红柿是蔬菜，需交税。进口商不服，在1887年将纽约港海关税收员爱德华?L?赫登告上法庭，要求返还被征收的税款。最后一路闹到了美国最高法庭，6年后法庭才做出最终裁定。判决西红柿是蔬菜的的理由还是人们通常对其烹饪食用，就日常吃法而言，西红柿更像蔬菜。
