显微镜既可用于课堂，也可用于医学实验室和其他显微技术的重要评估。不同的类型是针对这些不同的用途而设计的，因此会根据它们的分辨率、放大倍率、景深、视野、照明方法、自动化程度以及它们产生的图像类型而有所不同。显微镜本质上分为三类：电子显微镜、共焦显微镜和复合显微镜。
电子显微镜是极其复杂的放大设备。这些用于考古学、医学和地质学，以观察器官和岩石等物体的表面和层。这些设备不使用光，而是将电子流指向样本，并连接计算机分析电子如何被材料散射。标本必须悬挂在真空室内。
复合显微镜。通过透射电子显微镜，科学家可以看到物体不同深度的二维切片。当然，如此强大的仪器，无论是放大程度还是分辨率或图像清晰度都非常高。扫描电子显微镜略有不同，因为它们扫描镀金样本以提供物体表面的 3D 视图。该视图是黑白的，但却提供了令人惊叹的图片，例如恐龙骨头的微小山丘和山谷。
光学显微镜。共焦显微镜是与以前的类型相比，它使用激光束照射样本，然后对样本图像进行数字增强，以便在计算机显示器上查看。n 通常被染成明亮的颜色，因此激光可以产生对比度更高的图像。它被安装在玻璃载玻片上，就像高中生物课一样。这些设备是自动控制的，电动镜子有助于自动对焦。
立体显微镜提供其拍摄对象的 3D 图像。最简单的类型存在于教室中世界各地：复合显微镜。这些完全由手工操作，并使用来自太阳或灯泡的普通环境光来照亮样本。用户想要看的任何东西都安装在两个玻璃载玻片之间并夹在主镜头下方，他使用转盘来聚焦图像。这些工具使用一系列简单的放大镜和镜子将图像带到目镜，就像望远镜一样。
一体式数码显微镜具有计算机接口内置于设备中。
复合显微镜主要用于生物学。它们提供物体的二维切片，但可以获得足够高的放大倍数来观察真核细胞的部分、一根发丝或池塘浮渣。不幸的是，它们没有出色的分辨率，因此图像可能会模糊。立体显微镜，顾名思义，提供对分物体的 3D 图片，例如肌肉组织或器官。在这种情况下，放大倍率很差，因此观察者无法分辨出单独的细胞，但分辨率却大大提高了。
