安全操作系统通常指以下两件事之一：高度关注内部和外部安全的操作系统或具有外部安全认证的操作系统。无论哪种情况，这些操作系统的安全级别都高于普通系统。因此，安全操作系统通常用在存储重要数据或面临严重攻击风险的位置。
一些操作系统将安全性作为其主要构建点之一。这些系统通常具有直接内置于代码中的安全功能和轻度加密。这与通常依赖第三方程序的正常操作系统形成鲜明对比。由于这些程序不会作为操作系统的一部分加载，因此总会有一个小窗口可以绕过它们。在安全操作系统上，保护措施与整个操作系统是无法区分和不可移除的；因此，解决这个问题要困难得多
安全操作系统通常用于高风险位置。
其中一些安全操作系统是为特定用途而设计的，除此之外别无其他。例如，硬件防火墙或身份验证服务器内的编程通常是通用操作系统的变体。在这些情况下，该系统仍然存在；它只是被削减到安全协议所需的基本功能。
一些标准操作系统将获得外部安全系统的批准。这种类型的安全操作系统通常与普通用户版本非常相似，通常有一些小的变化。这些更改使系统的某些区域更加安全，但不会改变系统的整体方法和操作。
通常，安全操作系统用于高风险场所。该操作系统将提供针对入侵和数据盗窃的第一级防御。即使使用面向安全的操作系统，在计算机上发现其他加密和保护层也并不罕见。这些额外的第三方程序将克服内置程序的任何缺陷，并进一步保护系统。
即使使用安全的操作系统，用户操作在整体安全性中也发挥着巨大作用。对于普通用户来说，安全性往往排在可用性之后。因此，一旦某些安全系统妨碍了他们的计算机使用，许多用户就会关闭它们。在许多安全系统上，都有防止用户干扰或自动重新打开保护措施的保护措施。即使特定操作中断，这也将有助于维持基本的安全级别。
