启动碎片整理是计算机上碎片整理功能的特殊版本。它会重新排列数据，以便引导过程中使用的文件在硬盘驱动器上物理上彼此相邻。这可以加快启动过程。
碎片整理涉及重新排列硬盘驱动器上数据的物理位置。它消除了碎片，这是由于当从计算机中删除一条数据时，如果要写入的下一条数据不适合该间隙，则所产生的间隙将无法被填充。这可能会导致数据排列效率低下。
引导碎片整理涉及对硬盘驱动器上的数据进行物理重新排列。
碎片整理过程会重新排列数据，以便在物理上组织数据最有效的方式。这意味着计算机可以访问更快地传输每条数据：每次的差异只有一小部分秒，但它会逐渐增加。这个过程有点像整理散落在卧室地板上的物品。完成此操作后，查找和到达每个特定项目的速度就会快得多。
启动碎片整理执行相同的任务，但专门处理启动文件。这些是计算机启动时首先加载的文件。它们是将操作系统加载到计算机内存中所需的文件，以及启动用户设置为在计算机启动时自动运行的任何程序的文件。
从 Windows XP 开始，Microsoft 的操作系统就设置为自动运行启动碎片整理。它不受用户控制，而是在计算机空闲一定时间（通常为 5 到 30 分钟）时运行。启动碎片整理在后台运行，这意味着用户不知道它正在运行。
尽管启动碎片整理设置为默认情况下运行，它可能会被无意中关闭，例如被应用程序关闭。有足够信心运行注册表编辑器的用户可以检查是否发生了这种情况，并在需要时将其重新打开。这是通过打开注册表编辑器并转到 HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Dfrg\BootOptimizeFunction 来完成的，然后检查"Enable"旁边的值是否设置为 Y 而不是 N。
虽然用户不能直接强制运行启动碎片整理，有两种间接方法。一种是让计算机至少半小时不运行任何应用程序，这样只要打开该功能，计算机就会运行碎片整理。另一种方法是强制计算机运行其设置为在空闲时运行的所有任务，其中包括启动碎片整理。这可以在 32 位版本的 Windows 中完成，方法是依次单击"开始"、"运行"，然后键入 Rundll32.exe advapi32.dll,ProcessIdleTasks 并单击"确定"。当这运行多个任务时，在这些任务完成之前，它可能会影响计算机性能。
Apple Mac 操作系统没有内置碎片整理功能。官方建议，如果磁盘碎片过多，请先备份内容，然后使用Mac系统的磁盘初始化功能，然后恢复数据。由于执行起来比较麻烦，所以最好在碎片严重的情况下保留。最新版本的基于 Linux 的操作系统上的文件管理系统没有内置的碎片整理功能。不过，有多种第三方应用程序可以对基于 Linux 的驱动器进行碎片整理。
