臭豆腐按照工艺可以分为发酵和非发酵两种。市场上卖的青方腐乳便属于发酵臭豆腐，是在豆腐的基础上发酵而来，而街头上卖的油炸臭豆腐则属于非发酵臭豆腐。前者的臭味来源于微生物（常采用霉菌或乳酸菌）发酵蛋白质，产生的硫化物（例如二甲基二硫、二甲基三硫、二甲基四硫）、吲哚和部分具有臭味的氨基酸（例如丙氨酸）。非发酵臭豆腐的臭味来源于臭卤水。
发酵臭豆腐，因经发酵过程，部分蛋白质被分解成更有利于消化吸收肽、氨基酸；另外发酵过程还会生成维生素B12。维生素B12多存在于动物性食品，在植物性食品中含量甚微，因此素食者常常缺乏，但是发酵豆制品，包括臭豆腐中维生素B12含量较丰富，是素食者补充维生素B12的食物来源之一。
街头上的非发酵臭豆腐自然没有维生素B12的优势，而且经过油炸，能量比普通豆腐高很多，偶尔品之无妨，在三餐基础上每天都吃，则易造成能量过剩；而且高温油炸会损失部分营养素。
臭豆腐特别是发酵臭豆腐，如腐乳含盐量较高，不宜多吃。中国居民膳食指南建议每人每天吃盐不要超过6g，而最近营养调查发现，我们每天盐的摄入量平均为12g。因此对于高盐的腐乳，一定要限量。
发酵不仅会使蛋白质更有利于消化吸收，同时还会产生部分对人体有害的腐败产物，例如发性盐基氮，有研究显示，青方腐乳中的发性盐基氮平均含量比正常食品高出几百倍。
街头油炸臭豆腐所采用的油质量也难以保证，如是地沟油，又是反复油炸，其中反式脂肪酸、3, 4—苯并芘等致癌物会增加人体患心脑血管疾病和癌症的风险。
