首先说明一下微波炉的原理。如果一些物体（比如液态水）含有电极性分子并且这些分子可自由震荡，那么它们可被微波炉加热。
当这些物体被置于微波传播空间中，在微波高频振荡（微波炉常采用 2.45 GHz 的微波）的电磁场作用下，物体中的电极性分子（尤其是水分子，可强烈地对微波作出响应）的方向会随振荡电场一起振动，一个分子的固有电磁场被改变并影响邻近分子，于是分子们也会有共振，这种共振是内能的主要来源。有的食物本身就有自由的电极性分子，因此可以被微波直接加热；其他食物只要与水均匀混合，也可以通过水间接地被微波加热。另外，微波波长较长（约0.122m），比较容易穿透食物。
对不透明固体来说，微波可以达到离食物表面至少几厘米的食物内部，对这些部位同时加热。这不同于电烤箱的红外线或可见光，它们只能到达这些固体的表面；也不同于普通炊具，它们只能从外向里传输热量加热食物。
本质上，微波是一种电磁波，甚至连太阳光都比它能量高。和太阳光一样，是否会对人体造成伤害取决于它的能量（站在烈日下暴晒也会被晒伤）。至于微波炉，美国的标准是，在距离微波炉大约5厘米的地方，每平方厘米的功率不超过5毫瓦；而我国的标准更加严格，是1毫瓦。并且微波是按照距离平方随着距离增加而减弱的。因而只要微波炉合格，产生的微波完全不会有危险。
另一方面，微波也是一种辐射。但是电磁波属于非电离辐射，能量很低，无法破坏分子结构。既不会致癌，也不会让加热的食物变成致癌食品。所以，放心用吧。
